Das Prinzregententheater wurde nach der vollständigen Renovierung des Theaterbaus mit August Everdings Neuinszenierung »Tristan und Isolde« am 10. November 1996 wiedereröffnet. Das Akademietheater wurde mit Peter Handkes »Die Stunde da wir nicht voneinander wussten« am 11.November eröffnet. Uraufführung der Bühnenfassung »Die Farm der Tiere« von George Orwell und Stefan Eck am 22. November durch Theater+Schule.

»Tausendund ...« war das erste Osterkonzert des Symphonieorchesters des Bayerischen Rundfunk unter Leitung von Chefdirigent Lorin Maazel am 31. März 1997. Mit der Neuinszenierung von Monteverdis »L’incoronazione di Poppea« zieht die Staatsoper anlässlich der Opernfestspiele erstmals wieder ins Prinzregententheater ein. Der erste »Bayerischen Theaterpreises« wurde am 27. November im Theater am Prinzregentenplatz vergeben. Im selben Jahr wurde am 29. November »Peter Pan«, eine Oper von Wilfried Hiller, uraufgeführt.

Der 70. Geburtstag des Theatermanns August Everding wurde gefeiert. Die Neuinszenierung der Oper »Capriccio« von Richard Strauss mit dem Ensemble des Gärtnerplatztheaters war August Everdings letzte Inszenierung. Premiere war am 11. Oktober 1998.

Während des Umbaus des Gärtnerplatztheaters spielte das Ensemble dieses Hauses im Prinzregententheater. August Everding starb am 26. Januar 1999. Die Trauerfeier fand am 4. Februar 1999 im Prinzregententheater statt. Übergangsweise wurde Klaus Schultz kommissarischer Leiter der Theaterakademie. Peter Ruzicka wurde neuer Präsident der Akademie.

Prof. Dr. Hellmuth Matiasek wurde am 1. Oktober 2000 Präsident der Theaterakademie.

2001 wurde der 2. Zyklus Beethovens sämtlicher Klaviersonaten gespielt von Rudolf Buchbinder veranstaltet. Ebenfalls fand der Zyklus Neues Tanztheater im Prinzregententheater statt. Mit einem feierlichen Festakt wurde am 11. März 2001 das 100-jährige Bestehen des Theaters begangen.

2003 feiert die Bayerische Theaterakademie ihren 10 jährigen Geburtstag. Christof Albrecht wird im selben Jahr Präsident der Akademie. Am 31. Oktober wurde anlässlich des 75. Geburtstages von August Everding ein »Abend der Offenen Türen« veranstaltet.